מורפולוגיה היא ענף במחקר הביולוגי העוסק בחקר הצורה, המבנה והצבע של גופים ואיבריהם. בהתבוננות ביריעה האינסופית של גנטיקות הקנאביס הקיימות היום ובבחינה של שורשיהן, קל לראות כי צמח הקנאביס מייצר לא-מעט שוני מורפולוגי. ניתן לזהות זאת בבחינת הצבע שלו; הקנאביס אמנם מפגין לרוב גווני ירוק הנעים בין ליים בהיר לירוק עד עוצמתי וכהה, אך גנטיקות ותנאי אקלים מסוימים יכולים לדחוף את הצמח להציג גווני סגול, אדום, כחול ואפילו שחור על העלווה ותפרחות הקנאביס. ניתן לזהות הבדלים מורפולוגיים בין גנטיקות קנאביס גם במבנה התפרחות למשל: ישנן תפרחות המצטברות לצבירים דחוסים וקשיחים במיוחד לעומת תפרחות שמפגינות מבנה עדין, אוורירי וחרוטי. צמחים המפגינים תכונות מורפולוגיות ייחודיות תמיד מייצרים עניין סביבם, ובינם גם גנטיקות קנאביס. עם זאת, אין בהכרח קשר ישיר בין הפוטנציאל הרפואי של גנטיקה מסוימת לבין הביטוי המורפולוגי של הפרחים שהיא מייצרת. 

לדוגמה, ישנה תפיסה כי גנטיקות סאטיבה וגנטיקות אינדיקה מייצרות חזות מסוימת המאפיינת אותן. התפיסה לפיה קנאביס סאטיבה וקנאביס אינדיקה הם האחראים להבדל המורפולוגי בין תפרחת לתפרחת הייתה נכונה בעבר, אך כיום אינה מדויקת במקרה הטוב. קנאביס סאטיבה הוא כינוי שניתן לצמחי קנאביס על ידי הרבליסט מהמאה ה-16 שנקרא ויליאם טרנר. ב-1753 הכינוי הפך לשם הבוטני הרשמי של צמח הקנאביס כאשר הבוטניקאי האייקוני קארלוס לינאוס טבע שמות רשמיים למינים רבים של צמחים, דבר שהפך לחלק מרכזי במלאכתו.

גנטיקות הקנאביס שנחקרו היוו בעיקרן צמחים גבוהים עם תפרחות דלילות, אווריריות ועדינות. השפעתן הייתה עדינה, מרוממת ומבשמת. כשלושים שנה מאוחר יותר, בוטניקאי נוסף בשם למארק גילה גנטיקות קנאביס הודיות עם מבנה ייחודי - נמוך, שיחי ודחוס יותר. השפעת עישון גנטיקות האלה נרשמה כמנמנמת, אופורית ועוצמתית יותר. אם כך, בשלהי המאה ה-18 היה ניתן לסווג קנאביס כאינדיקה או סאטיבה ולהסיק את ההבדל המשמעותי בין שתי הגרסאות השונות של אותו הצמח. כיום לעומת זאת, לאחר כמעט שלוש מאות שנים של הכלאות והצלבות שקצבן רק מתעצם עם השנים בצורה מגמתית - אין כמעט גנטיקות סאטיבה או אינדיקה טהורות לחלוטין. וגם אם יש כאלה - התיעוד הנדרש כדי להוכיח את טוהרן לא קיים. 

כיום, המושגים אינדיקה וסאטיבה מהווים כמעין קוד אפיון לאופי ההשפעות הכללי של הגנטיקה ומידת התאמתה לשעות היום או הערב. ישנן גנטיקות בעלות אופי סאטיבה דומיננטי המאופיינות במבנה צמיחה נמוך ושיחי עם תפרחות מקובצות, דחוסות וקשיחות. לעומתן, קיימות גנטיקות בעלות אופי אינדיקה דומיננטי המפיקות פריחה אוורירית, עדינה ומוארכת. לכן - התפיסה לפיה אינדיקה וסאטיבה מאפיינים את הצורה ומבנה הצמיחה והפריחה לא תמיד מדויקת.

בזכות השימוש במגוון עשיר של זני מקור לפיתוח הגנטיקות שמפיקות את התפרחות שלנו, ניתן לזהות ביטויים מורפולוגיים רבים בין הזנים של החברה; גנטיקת האמנזיה מפורסמת בתפרחות גדולות - בקוטר של 3 ס״מ ואף יותר, במבנה חרוטי ומוארך בעל קשיחות בינונית וצבעוניות רב גונית. גם תפרחות רויאל מדיק מאופיינות במבנה די דומה, אך בצבעוניות שונה. הפרחים שמפיקה גנטיקת המייפל ליף קטנים יותר - בקוטר של ס״מ בודד או שניים בממוצע, בצבע ליים בהיר, במבנה תותי חלק וברמת קשיחות גבוהה מאוד. קנטיקת מור מפיקה תפרחת בצורה דומה אך פחות קשיחה ובעלת גוונים כהים שלעתים מגיעים לסגול. תפרחות הג׳י איי קליפורניה גם כן סגלגלות וגם המבנה שלהן מזכיר תותים קטנים, אך המרקם שלהם מקורזל ועדין בשונה מהקשיחות הסלעית של מייפל או מור. גם גנטיקת הפדרר, בדומה לג׳י איי מפיקה פרחים מאורכים, קטנים ועדינים בעלי קצה מחודד שמזכיר זנב עקרב או לב הפוך כשהוא מגיע לשיא גודלו בתקופת הפריחה. די קיו מייצר תפרחת דומה, אך המבנה של הקצה עגלגל, דחוס ומסורתי יותר.